Rstudio-server:安装seurat

Jupyter相比,使用Rstudio可以更方便进行交互式绘图,比如ggThemeAssist,以及某些3D绘图需要旋转视角进行观察。因此这里记录一下在Rstudio里安装seurat的过程

  • 更改R版本

  • 进入terminal,以下操作均在terminal中进行

  • export R_LIBS_SITE=””

  • 在terminal中进入R

  • .libPaths(‘/home/rstudio/miniconda3/envs/r_4_1_3/lib/R/library’)

  • .libPaths() 确保没有其他路径

  • remove.packages(“vctrs”)

  • install.packages(“vctrs”)

  • install.packages(‘Seurat’)

  • remove.packages(“cli”)

  • install.packages(“cli”)

  • install.packages(“tidyverse”)

  • 重启R session

  • library(tidyverse)

  • library(Seurat)

  • 如果conda有这个包,且环境不冲突,则简单一些。但这个Rstudio-server不支持conda虚拟环境。

  • 进入terminal

  • conda install -c conda-forge r-seurat -y


Rstudio-server:安装seurat
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Author
Limour
Posted on
August 12, 2022
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