TCGA突变数据使用记录(一) 数据下载,从cBioPortal 从cBioPortal找到相应的数据,并从github下载 ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json & wget -e “https_proxy=http://127.0.0.1:20809“ https://github.com/cBioPortal/datahub 2022-09-04 uncategorized
蛋白质组学TCPA数据集使用记录 获取数据 进入TCPA的下载页面选择感兴趣的L4数据 unzip TCGA-PRAD-L4.zip 清洗数据f_dedup_IQR 123456tcpa <- read.csv('tmp/TCGA-PRAD-L4.csv')type <- as.numeric(substr(tcpa$Sample_ID, 14, 15))tcpa <- subset(tcp 2022-09-04 uncategorized
oncoPredict包进行药物敏感性预测 安装包 conda create -n oncoPredict -c conda-forge r-base=4.1.3 conda activate oncoPredict conda install -c conda-forge r-tidyverse -y conda install -c conda-forge r-irkernel -y Rscript -e “IRkernel: 2022-09-04 uncategorized
Cmap药物数据库使用记录 Connectivity Map(Cmap)为一个基因表达数据库,由哈佛、剑桥大学和麻省理工学院研究人员构建,利用不同干扰物(包括小分子)处理人类细胞后的基因表达差异,建立一个干扰物、基因表达和疾病相互关联的生物应用数据库。研究团队认为以基因表达谱所建立的基因、疾病与药物的关联性,可协助研究者在药物研发领域上,快速利用基因表达谱数据比对出与疾病高相关性的药物、推论大部分药物分子的主要结构,并能够归 2022-09-03 uncategorized
通过UCSC下载TCGA甲基化数据 UCSC Xena是一个集分析、可视化、数据集下载等功能的在线数据分析和可视化平台。 现有142个队列的1604个公共数据集包括TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等,不同的数据集之间精不同的标准化方法可以相互比较。(陈浩) 选择数据集 下载数据 ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &am 2022-09-03 uncategorized
ReactomePA试用 安装补充包 conda activate clusterprofiler ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json & wget -e “https_proxy=http://127.0.0.1:20809“ https://github.com/YuLab-SMU/ReactomePA/archive 2022-09-02 uncategorized
让NPM面板只允许CDN回源IP访问 之前用docker安装NPM面板,并套上了CF的免费CDN,做好了规则防护。现在还差一个防止通过固定Hostname然后扫描全网ip来反查源站的保护。 123456789101112131415161718#!/bin/bash/usr/sbin/iptables -I DOCKER-USER -p tcp -m multiport --dports 80,443 -j DROP/usr/sbi 2022-09-02 uncategorized
Docker安装A面板 之前安装了X面板,现在在客户端上安装A面板来使用它 1234567891011121314version: '3.3'services: v2raya: restart: always privileged: true network_mode: host container_name: v2raya 2022-09-01 uncategorized
Docker搭建ServerStatus 服务端123456789101112version: '3.3'services: serverstatus: restart: always container_name: serverstatus volumes: - './serverstatus-config.json:/ServerSta 2022-08-27 uncategorized