pyppeteer初探 前面暂时解决了倒霉微信的发信问题,现在可以使用crontab定时每天早上将下面这个腾讯在线文档的表格的二维码发到群里了,下面还需要每天下午自动获取当天的填写情况,发送一条提醒消息到群里。这些在线表格就是不给个人提供api,腾讯文档明说要执照,金山文档就更过分了,可以跳过执照注册试用账号,结果折腾半天调通了api,发现试用账号没有获取文档的权限,我可去你**的。没办法,总不能博主每天在群里吼吧,只好 2022-08-14 uncategorized
解决虚拟机上执行sudo非常慢的问题 之前用VMware安装了ubuntu,一切都挺好,就是sudo运行起来等半天,跟这里的描述类似,在大佬指路下找到了解决方案。 hostname 命令得到自己的主机名,如vmubuntu sudo nano /etc/hosts 修改hosts文件 127.0.0.1 localhost vmubuntu 将vmubuntu添加到127.0.0.1后面 果然sudo不再卡顿了 2022-08-14 uncategorized
制作微信发信的RESTful的API 境内微信使用太广泛了,然而微信这个倒霉玩意不像TG一样提供机器人接口,而学校核酸检测需要每天催没测的人去测核酸,太折磨了,因此先把微信发信的接口转成RESTful的API方便后续使用。主要思路是用**ItChat-UOS的接口,通过Bottle暴露到互联网上,只要post对应的参数和消息就能通过ItChat-UOS**给指定群组发送通知。 解除系统限制1234* soft nofile 10000 2022-08-13 uncategorized
使用Seurat v3标准整合流程移除批次效应 之前试了文献提供的去除批次效应的代码,发现效果非常差,还是用标准流程走一下看看吧 读入数据1234567library(scran);library(tidyverse);library(Seurat);sce <- readRDS('scRNA.rds')sce <- as.Seurat(sce)sceL <- SplitObject(object = sc 2022-08-13 uncategorized
scran:使用fastMNN算法移除批次效应 为了复现这篇Nature Cell Biology上文章的结果,试试文章提供的代码 安装补充包 conda activate seurat conda install -c bioconda bioconductor-scran -y conda install -c bioconda bioconductor-scater -y install.packages(“BoutrosLab.plot 2022-08-13 uncategorized
简易计算任务的探针 某些项目动辄跑上十天半个月,有时候需要在手机上简单了解该任务的运行状态,不想花里胡哨,这里写个sh脚本定时通知一下任务运行状态吧。发送通知的脚本看这里 简单的资源探针1234567891011121314151617181920212223242526#!/bin/bashinfo="python3 /home/jovyan/upload/zl_liu/wecomchan.py" 2022-08-12 uncategorized
单细胞数据去批次效应算法比较 来源:**BatchBench**和生信技能树jimmy 批次整合效果 左图是批次上色,右图是细胞类型上色 左图不同区域颜色越混杂越好 右图不同区域颜色越纯粹越好,且同一颜色最好在且只在一个区域 资源消耗量 实线是批次的熵,越高表示混合程度越好 虚线是细胞类型的熵,越低表示区分度越好 第一行是批次数量固定为2,细胞数量增长(总计61,000进行下采样) 第二行是每个批次固定1001个细胞,批 2022-08-12 uncategorized
Rstudio-server:安装seurat 与Jupyter相比,使用Rstudio可以更方便进行交互式绘图,比如ggThemeAssist,以及某些3D绘图需要旋转视角进行观察。因此这里记录一下在Rstudio里安装seurat的过程 更改R版本 进入terminal,以下操作均在terminal中进行 export R_LIBS_SITE=”” 在terminal中进入R .libPaths(‘/home& 2022-08-12 uncategorized
COX模型可视化:风险得分关联图 安装补充包 conda activate ggsurvplot # conda install -c conda-forge r-ggplotify -y conda install -c conda-forge r-circlize -y conda install -c bioconda bioconductor-complexheatmap -y install.packages(‘ggri 2022-08-11 uncategorized
regplot绘制高级nomogram 安装补充包 conda activate ggsurvplot install.packages(‘regplot’) 高级nomogram123456789101112library(rms)library("survival")library("survminer")library(regplot)mycol<-c("#A6CEE3&q 2022-08-11 uncategorized