RRA结果绘图 安装包 # conda activate rplot # conda env remove -n ggVennDiagram # conda env remove -n rsf conda create -n rsf -c conda-forge r-sf=1.0_4 conda activate rsf library(sf) # install.packages(“sf”, vers 2022-08-08 uncategorized
不同批次但未记录批次时使用DESeq2的方法 准备数据1234567891011121314151617181920212223242526library(SummarizedExperiment)tmp <- load('PRAD_tp.rda')counts <- data@assays@data$unstrandedcolnames(counts) <- data@colData$patientf_ 2022-08-08 uncategorized
将多数据集转化成无依赖的数据格式,进行单变量COXPH,并进行RRA整合 PCaDBf_dedup_IQR 123456789101112131415161718192021222324ano <- readRDS('../../DEG/PCaDB/PCaDB_Gene_Annotation.RDS')tmp <- readRDS('../../DEG/PCaDB/CPC-Gene_eSet.RDS')tmpclini 2022-08-08 uncategorized
clusterProfiler:构建MsigDB的数据库 clusterProfiler:自定义数据库中展示过构建HALLMARKS的方式,但是速度有点慢,这里简单改动一下,对C5_HPO进行构建。 构建12345678910111213text <- readLines("c5.hpo.v7.5.1.symbols.gmt", encoding = "UTF-8")text <- strsplit(t 2022-08-07 uncategorized
免费CDN:博客套用CFT尝试 这几天有大佬研究出来薅AWS免费CDN每月1T流量的教程。CF过于良心,高峰时段博客访问太慢,因此尝试一下CFT。 第一步 注册AWSAWS注册比甲骨文云轻松,但是需要VISA信用卡,邮箱和手机号 第二步 建立测试网站 NPM面板反代wordpress端口,选一个随机子域名进行DNS解析 安装X面板,ws连接中千万不要开启acceptProxyProtocol NPM面板中按下面的图添加locat 2022-08-05 uncategorized
博主忏悔录 世界已不是旧日的世界,和平与发展将始终作为时代唯一的主题 威权从来没有善终,繁荣需要自己建设 冷战之于科技是不可持续的发展方式,交流合作才是正确的道路 博主对过去误解和误用群星梗表示道歉 2022-08-04 uncategorized
clusterProfiler:构建Disease Ontology数据库 与常用的基因功能注释数据库类似,Disease Ontolog通过参照MeSH, ICD等疾病分类标准,对人类的常见疾病与罕见病进行了归纳整理,提供了一个统一的,标准化的疾病分类系统。 安装补充包 conda activate clusterprofiler conda install -c bioconda bioconductor-biomart -y 获得基础数据1234567891011 2022-08-02 uncategorized
通过VMware构建本博客使用的生信处理环境 使用Windows系统,安装Docker需要开启WSL2,可能存在未知的BUG,操作和维护也不是那么轻松,因此本文将教大家如何使用VMware安装Ubuntu,再通过Ubuntu安装Docker,然后通过Docker安装Jupyter Docker Stacks 第一步 安装VMware复旦大学是VMware学术计划成员,因此在校师生可以在遵循相关协议的前提下免费使用VMware学术计划内所包含产 2022-07-31 uncategorized
Docker:部署自己的搜索引擎SearXNG 咕咕鸽最近又更新了一期搭建SearXNG的教程,咱也跟着咕咕鸽的教程折腾一下 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445version: '3.7'services: redis: container_name: redis_searxng im 2022-07-30 uncategorized
【翻译】利用大队列对前列腺癌预后的机器学习模型和基因表达特征进行综合评价 文章原文:Comprehensive Evaluation of Machine Learning Models and Gene Expression Signatures for Prostate Cancer Prognosis Using Large Population Cohorts,该文章的代码托管在GitHub上,数据托管在PCaDB上。本博客的历史博文拥有部分背景知识、周支瑞老师 2022-07-30 uncategorized