复旦高性能计算 (七) Python调用R 前置要求 复旦高性能计算 (一) Linux无root权限安装软件:以R为示例 这里编译时开启了–enable-R-shlib 复旦高性能计算 (六) jupyter启用R内核 确保不出奇怪的问题 install.packages(c(‘RJSONIO’, ‘httr’), repos=”http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/“ ) 第一步 2021-10-22 生物信息学
复旦高性能计算 (六) jupyter启用R内核 第一步 启用镜像12install.packages("BiocManager", repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" )options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") 第二步 2021-10-22 生物信息学
ImageJ (一) 细胞计数 第二步 图片亮度均匀化 PS-钢笔-选区-调整亮度 Image-Type-8-bit 第二步 细胞分割 Image-Adjust-Threshold Process-Binary-Fill Holes Process-Binary-Watershed 第三步 细胞计数 Analyze-Analyze Particles 2021-10-19 ImageJ
Oracle 永久免费服务器配置 第一步 用自己生成的公钥创建实例https://zhuanlan.zhihu.com/p/352736372 第二步 配置开机启动脚本https://zhangyaoyu.com/archives/399/ 12345#!/bin/bashiptables -P INPUT ACCEPTiptables -P FORWARD ACCEPTiptables -P OUTPUT ACCEPTiptab 2021-10-16 建站探索
cellchat (一) 细胞间通讯分析 教程https://github.com/sqjin/CellChat 第一步 分离比较对象并创建cellchat对象123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960library(CellChat)library(ggplo 2021-10-15 单细胞下游分析
Monocle (一) 拟时序分析判断细胞分化关系 跟着官网学习单细胞Monocle3 Monocle 3 : An analysis toolkit for single-cell RNA-seq. 2021-10-15 单细胞下游分析
pyscenic (一) 转录因子分析 第一步 安装1234pip3.8 install wheel -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip3.8 install pyscenic -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip3.8 install seaborn -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn 2021-10-15 单细胞下游分析
TCGA (五) 反卷积推断细胞构成比 SCDC: Bulk Gene Expression Deconvolution by Multiple Single-Cell RNA Sequencing References 第一步 安装依赖 install.packages(“remotes”) remotes::install_github(“renozao/xbioc”) proxychains4 wget https:// 2021-10-15 组织测序分析
Seurat (七) 判断某个细胞群的性质 (二) ——熵分析预测细胞干性 SLICE:Determining Cell Differentiation and Lineage based on Single Cell Entropy SLICE: Determining Cell Differentiation and Lineage based on Single Cell Entropy第一步 安装依赖 BiocManager::install(c(‘Biobase 2021-10-15 单细胞下游分析
Seurat (七) 判断某个细胞群的性质 (一) ——GSEA分析 第一步 读取数据12345678910111213141516171819library(Matrix)library(Seurat)library(plyr)library(dplyr)library(patchwork)library(purrr) rm(list = ls())# 配置数据路径root_path = "~/zlliu/R_data/TCGA" # 配置结果 2021-10-12 单细胞下游分析