CSOmap (一) 分析流程 第一步 明确CSOmap所需的数据 先读readme,里面描述了输入数据的格式 label.txt:细胞标注表,格式如图 LR_pairs.txt:受体配体表,格式如图,用CSOmap自带的也行 TPM.txt:TPM标注化的表达矩阵,格式如图,第一行得用\t开头 第二步 导出CSOmap所需的数据123456789101112131415161718192021222324 2021-09-21 单细胞下游分析
SingleR (五) 不同参考集与混合参考集的对比 第一步 构建 21.09.21.SingleR.R1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666768697071727374757677787980818283848586878889909192 2021-09-21 生物信息学
SingleR (四) 搭建测试环境 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859library(Seurat) ##library(SingleR)library(ggplot2)library(reshape2)library(SeuratData)pbmc 2021-09-21 生物信息学
SingleR (三) 分群结果可视化 第一步 加载程辑包12345# 0、加载程辑包library(Seurat)library(dplyr)library(patchwork)library(ggplot2) 第二步 配置路径1234567# 配置数据路径root_path = "~/zlliu/R_data/21.07.15.IntegrateData"# 配置结果保存路径output_path = &quo 2021-09-20 生物信息学
SingleR (二) 使用参考数据集预测分群 第一步 构建 21.09.20.SingleR.R1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666768697071727374757677787980818283848586878889909192 2021-09-20 生物信息学
SingleR (一) 参考数据集的构建方法 第一步 下载所需的参考数据集 确定目标:Human Multiple Cortical Areas SMART-seq 下载:Gene expression matrix 和 Table of cell metadata 123mkdir Human_Multiple_Cortical_Areas_SMART-seq && cd Human_Multiple_Cortical_A 2021-09-20 生物信息学
Seurat (二) 整合数据集 第一步 导入程辑包123456library(Matrix)library(Seurat)library(plyr)library(dplyr)library(patchwork)library(purrr) 第二步 配置数据路径工作路径1234567# 配置数据和mark基因表的路径root_path = "~/zlliu/R_data/hBLA"# 配置结果保存路径out 2021-09-19 生物信息学
复旦高性能计算 (三) jupyter R内核 png设备问题的解决方法 第一步 安装 Cairo包 第二步 .Rprofile 文件添加以下内容 1options(bitmapType='cairo') 第三步 ~/.local/share/jupyter/kernels/ir/kernel.json 12345{ "argv": ["/home/rqzhang/zlliu/dev/R/R_s/l 2021-09-19 生物信息学
Seurat (一) 安装 安装BiocManager:install.packages("BiocManager", repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ) 为BiocManager添加镜像:options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/b 2021-09-19 生物信息学
Xray配置文件 下载并解压核心 Xray-core 配置文件示例,xui2.json: 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960616263646566676869707172737475767778798081828384858 2021-09-19 计算机相关