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title: 单细胞数据去批次效应算法比较
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id: '1970'
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date: 2022-08-12 17:16:34
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来源：**[BatchBench](https://doi.org/10.1093/nar/gkab004)**和[生信技能树jimmy](https://cloud.tencent.com/developer/article/1638879)

## 批次整合效果

![](https://img-cdn.limour.top/2022/08/13/62f67e2f6b109.png)

*   左图是批次上色，右图是细胞类型上色
*   左图不同区域颜色越混杂越好
*   右图不同区域颜色越纯粹越好，且同一颜色最好在且只在一个区域

## 资源消耗量

![](https://img-cdn.limour.top/2022/08/13/62f68229451e4.png)

*   实线是批次的熵，越高表示混合程度越好
*   虚线是细胞类型的熵，越低表示区分度越好
*   第一行是批次数量固定为2，细胞数量增长(总计61,000进行下采样)
*   第二行是每个批次固定1001个细胞，批次数量增长
*   第二列是计算消耗的时间，不清楚作者的计算节点性能，但应该很强
*   第三列是计算占用的内存，可以看到Seurat在2个批次6万个细胞时占用了高于30G的内存；而20个批次，2万个细胞时占用了60G内存

## 校正批次后对聚类的影响

![](https://img-cdn.limour.top/2022/08/13/62f6854896d38.png)

*   上面的col是组织，下面的col是数据来源，左边的row是批次去除算法，右边的row是无监督聚类算法
*   颜色表示调整兰德指数的值，越接近1越好，说明该组织越适合这种批次去除算法和无监督聚类算法

## 校正批次后对Marker基因的影响

![](https://img-cdn.limour.top/2022/08/13/62f6895dad503.png)

*   红色表示DEG中检测到的标记基因数量占实际标记基因数量的比例
*   深青色表示DEG与实际标记基因集合的相似性
*   可以看出效果一塌糊涂，还是**先分群再合并比较好，这些校正批次效应的算法只能用于可视化**。