蛋白质组学tcpa数据集使用记录.md 652 B
title: 蛋白质组学TCPA数据集使用记录 tags: [] id: '2006' categories:
- - uncategorized date: 2022-09-04 16:25:12 ---
获取数据
- 进入TCPA的下载页面选择感兴趣的L4数据
- unzip TCGA-PRAD-L4.zip
清洗数据
tcpa <- read.csv('tmp/TCGA-PRAD-L4.csv')
type <- as.numeric(substr(tcpa$Sample_ID, 14, 15))
tcpa <- subset(tcpa, type < 10) # tp
rowNa <- substr(tcpa$Sample_ID,1, 12)
tcpa <- f_dedup_IQR(tcpa[-(1:4)],rowNa)
tcpa
后续可以用limma包进行差异分析