【记录】安装生信的代码编写环境
Last updated on May 18, 2024 pm
安装 vscode-web
- 安装好 docker
- QUIC 转 SOCKS5
1 | mkdir -p ~/app/vscode && cd ~/app/vscode && nano docker-compose.yml |
1 | version: "2.1" |
配置代理和中文
- 打开Visual Studio Code,点击Manage,在列表中选择Settings
- 在弹出的搜索框中输入"proxy",即可看到代理的配置项"Http:Proxy"
- 宿主机获取docker0的ip:
ip address | grep docker0
- 然后docker内设置代理
http://docker0的ip:port
拓展内搜索zh-cn,安装中文界面拓展
安装 conda
- 回到WORKSPACE,ctrl+~ 调出终端
sudo sed -i 's/archive.ubuntu.com/mirrors.aliyun.com/g' /etc/apt/sources.list
sudo apt update
sudo apt install wget
- 安装 conda
安装nodejs
1 | conda create -n node -c conda-forge nodejs |
使用git
1 | npm create astro@latest |
hello world
1 | --- |
- Enabling SSR in Your Project
- 编辑 chatGPT/src/pages/index.astro
npm run dev
- 访问
https://vscode.domain/proxy/3000/?search=hello%20world
进行测试
附加 win下集成conda
- 进入设置页面,搜索
terminal.integrated.profiles.windows
- 编辑
setting.json
, 给PowerShell
中添加args
args
的值可以通过查看 conda 快捷方式的属性来获取
1 | "PowerShell": { |
安装 Jupyter
持久化镜像存储
1 | mkdir -p ~/datascience && cd ~/datascience |
1 | version: '3.3' |
启动镜像
1 | nano docker-compose.yml |
1 | version: '3.3' |
R包镜像
1 | nano .Rprofile |
1 | options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") ##指定镜像,这个是中国科技大学镜像 |
安装 R 内核
1 | conda create -n seurat -c conda-forge r-seurat=4.1.1 -y |
安装 python 内核
1 | conda create -n markdown2pptx -c conda-forge python -y |
安装 Golang 内核
- 项目地址 gophernotes
1 | conda create -n golang -c conda-forge go -y |
安装 jupyter-ai 内核
- 获取端点和令牌
- 填写端点时尾部需要加上
/v1
1 | conda create -n jupyter-ai -c conda-forge jupyter-ai-magics -y |
- 启用拓展并配置端点和令牌
1 | %load_ext jupyter_ai_magics |
- 示例
1 | %%ai chatgpt -f code |
安装 rstudio
1 | mkdir -p ~/app/rstudio && cd ~/app/rstudio && nano docker-compose.yml |
1 | version: '3' |
更改 R 版本
- 安装 conda
1 | # 容器内 |
安装 seurat
1 | # 进入terminal,以下操作均在terminal中进行 |
绘制 3D-umap
1 | library(plotly) |
安装 notebook
1 | mkdir -p /home/limour/upload/home && echo `id -u gene`:`id -g gene` |
1 | version: '3' |
1 | conda init |
1 | proxy_connect_timeout 600s; |
R
1 | source activate mamba |
proxychains
1 | source activate mamba |
附加 windows端口映射
1 | netsh interface portproxy add v4tov4 listenaddress=0.0.0.0 listenport=57002 connectaddress=192.168.243.129 connectport=57002 |
- 防火墙入站规则放行端口
57002
- 假设宿主物理机是
192.168.10.247
, 其内部的虚拟机是192.168.243.129
- 局域网内其他物理机即可访问
http://192.168.10.247:57002/nbclassic/tree?token=xxx
【记录】安装生信的代码编写环境
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