【迁移】从差异基因到RRA聚合 通过比对,我们得到了counts矩阵,接下来可以进行DEGs分析。此时如果我们有多组之间的对比,则可以使用RRA算法来聚合我们的结果。 RRA的安装 1234567891011121314151617181920conda create -n tcga -c conda-forge r-base=4.1.2 -yconda activate tcgaconda install -c conda-f 2022-07-22 #DEGs #RRA
【迁移】森林图展示回归分析的结果 配置环境 基础编程环境 GitHub 下载加速 可能需要用到的加速服务 1234conda create -n forestplot -c conda-forge r-forestplot -yconda activate forestplotconda install -c conda-forge r-tidyverse r-irkernel -yRscript -e "IRker 2022-07-15 #forestplot #regression
【迁移】树莓派:Rclone+aria2做Onedrive离线下载机 Rclone使用自建应用挂上了Ondrive,接下来就该配置aria2+自动上传脚本了。 安装aira2 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334version: "3.8"services: Aria2-Pro: container_name: aria2-pro image: p3t 2022-07-13 #raspberrypi #rclone #aria2
【迁移】时空图:以天狼星单程旅行为例 最近看《从一到无穷大》,对里面的闵氏时空图很感兴趣,恰好里面有去天狼星的例子,因此想用时空图画画看。为简化问题,这里取天狼星到地球的距离为9光年,实际约为8.6光年。同时为了便于画图,纵轴时间轴以年×光速为单位,横轴空间轴以光年为单位。使用 geogebra 进行绘图。 出发前的时空图 如图1所示,线段g(CAD)表示飞船,A点为质心。直线f表示天狼星B的世界线。射线h(AE)表示A的光锥。射线 2022-07-05 #时空图
【迁移】STAR:一键脚本 2023-09-27更新:添加了转录本计数相关内容 一些依赖 安装 biobambam 项目地址:https://gitlab.com/german.tischler/biobambam2 1conda create -n biobambam -c bioconda biobambam -y 安装 star 1234conda create - 2022-07-02 #STAR
【迁移】CellTypist 注释免疫细胞亚群 安装CellTypist并配置环境,加载所需的包,加载数据,将Seurat对象转换为scanpy对象,对每个细胞进行观察,对基因矩阵进行注释,组装AnnData对象,进行预测,并将预测结果添加到Seurat对象中。 2022-02-22 #celltypist #生信 #分群 #注释
【迁移】二代测序数据处理之数据格式说明 FASTA(.fa) 储存参考数据集 从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第2节 FASTA和FASTQ 基本单元 序列所表示的基因名:>ENSMUSG00000020122ENSMUST00000138518,后可接空格表示注释前缀 具体序列信息:CCCTCCTATCATGC……GGGCCCACCTGTTCTCTGGT 基因名独占一行,序列信息为基因名后一行至下一个 > 2022-01-17 #NGS #fasta #fastq #gft #bam
【探索】利用后缀表达式解方程 这段Python代码实现了使用后缀表达式解方程的功能。它包括了一个栈类(Stack)和一个多项式类(Polynomial)。通过中缀表达式转后缀表达式的方式处理方程,最终实现了解一元一次方程的功能。代码包含了多个方法,如多项式的加法、减法、乘法、除法等操作。在解方程时,它先进行表达式的简化和转换,然后输出方程的解或者判断方程是否是一元一次方程。 2020-12-12 #探索