【迁移】使用 JTK_CYCLE 算法分析生物节律
Last updated on March 19, 2024 pm
JTK是一种非参数检测程序,能从芯片数据中检测循环转录本。除了计算每个转录本最佳的相位(LAG)、振幅(AMP)和周期(PER)外,JTK还计算了置换检验P值(ADJ.P)和Benjamini-Hochberg q值 (BH.Q)。与常规的周期检测算法相比,JTK具有更好的检验效能、更高的计算效率和更强的鲁棒性。R语言的metacycle包实现了ARSER、JTK_CYCLE、Lomb-Scargle三种分析方法。
conda安装包
1 | conda create -n metacycle -c conda-forge r-base=4.1.3 |
准备数据
通过比对,得到的counts矩阵
1 | require(MetaCycle) |
1 | tmp <- read.csv('tmp.csv', row.names = 1) |
分析周期节律
1 | meta2d(infile="tmp.csv",filestyle="csv",outdir="example", cycMethod="JTK", timepoints=c(16,16,16,16,28,28,28,28),outRawData=TRUE) |
绘制热图
1 | require(pheatmap) |
绘制某个基因的拟合曲线
1 | get_sin_lm <- function(PER, LAG, AMP, mean=0){ |
【迁移】使用 JTK_CYCLE 算法分析生物节律
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