--- title: 【记录】在 Slurm 平台的GPU集群上使用 Pytorch urlname: -ji-lu--zai--Slurm--ping-tai-de-GPU-ji-qun-shang-shi-yong--Pytorch date: 2023-09-06 20:24:43 tags: ['slurm', 'nvidia', 'torch'] --- {% note info %} 更新：不用编译了，直接装最新版就行，cuda 是可以[兼容](https://docs.nvidia.com/deploy/cuda-compatibility/#use-the-right-compat-package)低版本驱动的，cuda-compat 似乎可以不装。之前运行检测失败是因为 HPC 上的环境变量没有指定驱动的 bin 和 lib 的路径。 {% endnote %} 先说结论，没有 root 权限的 HPC，千万不要想着用最新版本的 pytorch。自己编译也不行，因为已经不支持 cuda11.7 以下的版本了，而没有 root 权限，既改不了驱动，也装不了 cuda-compat，不要折腾了。 ## 更换 conda + 安装 [conda](/-ji-lu--an-zhuang-conda-bing-geng-huan-qing-hua-yuan) ```bash # 千万不要用系统提供的 conda # 一定要自己重新 init 一个 # 因为除了自己的 home 目录会正确映射到集群的节点上 # 其他的目录很可能不正确 source ~/.bashrc conda clean --all conda install -y nano ``` #### 更换编译器 ```bash #!/bin/bash ### 设置该作业的作业名 #SBATCH --job-name=install-nvidia-gxx ### 指定该作业需要1个节点数 #SBATCH --nodes=1 ### 每个节点所运行的进程数为1 #SBATCH --ntasks-per-node=1 ### 程序的执行命令 source ~/.bashrc ## https://gist.github.com/ax3l/9489132 查看对应 nvcc 支持的 g++ 版本 conda create -y -n gcc -c conda-forge gcc=9.5.0 source activate gcc conda install -c conda-forge gxx=9.5.0 gcc -v g++ -v ``` ```bash source ~/.bashrc conda run -n gcc whereis gcc # ~/miniconda3/envs/gcc/bin/gcc conda run -n gcc whereis g++ # ~/miniconda3/envs/gcc/bin/g++ ``` ## 检测驱动版本 ```bash #!/bin/bash ### 设置该作业的作业名 #SBATCH --job-name=test-nvidia ### 指定该作业的运行分区，sinfo 获取分区列表 #SBATCH --partition=body ### 指定申请的节点 #SBATCH --nodelist=gpu4 ### 排除指定的节点； #SBATCH --exclude=gpu1 ### 指定该作业需要1个节点数 #SBATCH --nodes=1 ### 该作业需要1个CPU #SBATCH --ntasks=1 ### 申请1块GPU卡 #SBATCH --gres=gpu:1 ### 作业最大的运行时间，超过时间后作业资源会被SLURM回收 #SBATCH --time=0:05:00 ### 指定从哪个项目扣费。如果没有这条参数，则从个人账户扣费 #SBATCH --comment public_cluster ### 程序的执行命令 source ~/.bashrc lspci | grep VGA ### modinfo nvidia cat /proc/driver/nvidia/version ### /opt/app/cuda/11.2/extras/demo_suite/bandwidthTest ``` ## 安装 pytorch ### 方式一 conda #### 新版本 ```bash #!/bin/bash ### 设置该作业的作业名 #SBATCH --job-name=install-nvidia ### 指定该作业的运行分区，sinfo 获取分区列表 #SBATCH --partition=body ### 指定申请的节点 #SBATCH --nodelist=gpu4 ### 排除指定的节点； #SBATCH --exclude=gpu1 ### 指定该作业需要1个节点数 #SBATCH --nodes=1 ### 该作业需要1个CPU #SBATCH --ntasks=1 ### 申请1块GPU卡 #SBATCH --gres=gpu:1 ### 指定从哪个项目扣费。如果没有这条参数，则从个人账户扣费 #SBATCH --comment public_cluster ### 程序的执行命令 source ~/.bashrc source activate gcc conda create -y -n gpu pytorch-cuda=11.8 -c pytorch -c nvidia conda install -y -n gpu pytorch -c pytorch -c nvidia conda install -y -n gpu torchvision torchaudio -c pytorch -c nvidia ``` #### 旧版本 ```bash #!/bin/bash ### 设置该作业的作业名 #SBATCH --job-name=install-nvidia ### 指定该作业的运行分区，sinfo 获取分区列表 #SBATCH --partition=body ### 指定申请的节点 #SBATCH --nodelist=gpu4 ### 排除指定的节点； #SBATCH --exclude=gpu1 ### 指定该作业需要1个节点数 #SBATCH --nodes=1 ### 该作业需要1个CPU #SBATCH --ntasks=1 ### 申请1块GPU卡 #SBATCH --gres=gpu:1 ### 指定从哪个项目扣费。如果没有这条参数，则从个人账户扣费 #SBATCH --comment public_cluster ### 程序的执行命令 source ~/.bashrc source activate gcc conda create -y -n gpu python=3.9 pytorch=1.10.2=py3.9_cuda11.1_cudnn8.0.5_0 torchvision=*=py39_cu111 torchaudio=*=py39_cu111 cudatoolkit=11.1 -c pytorch ``` ### 方式二 编译安装 折腾了几天，发现 cuda11.2 不支持高于 10.0 的 gcc，而低版本的 gcc 在 ninja 上会报错，以后再折腾吧。 #### 获取源码 ```bash source ~/.bashrc # wget cuda -O -| tar -xf - # wget cudnn -O -| tar -xf - git clone --depth=1 --recursive https://github.com/pytorch/pytorch ``` > 对于子模块，可以先不要在`git clone`的时候加上`--recursive`，等主体部分下载完之后，该文件夹中有个隐藏文件称为：`.gitmodules`，把子项目中的`url`地址同样加上`.cnpmjs.org`后缀，然后利用`git submodule sync`更新子项目对应的url，最后再`git submodule update --init --recursive`，即可正常网速clone完所有子项目 > 如果集群无法访问 GitHub，可以先获取源码后，`tar -zcPf /root/tmp/pytorch.tar.gz pytorch` 打包，[上传到集群](/Rclone-bei-fen-VPS-shu-ju-dao-onedrive)，`tar -zxf pytorch.tar.gz` 解包。 ```bash #!/bin/bash ### 设置该作业的作业名 #SBATCH --job-name=ungzip-nvidia ### 指定该作业需要1个节点数 #SBATCH --nodes=1 ### 每个节点所运行的进程数为1 #SBATCH --ntasks-per-node=1 ### 程序的执行命令 source ~/.bashrc cd ~ tar -zxf pytorch.tar.gz ``` #### 进行编译 ```bash #!/bin/bash ### 设置该作业的作业名 #SBATCH --job-name=install-nvidia ### 指定该作业的运行分区，sinfo 获取分区列表 #SBATCH --partition=body ### 指定申请的节点 #SBATCH --nodelist=gpu4 ### 排除指定的节点； #SBATCH --exclude=gpu1 ### 指定该作业需要1个节点数 #SBATCH --nodes=1 ### 该作业需要4个CPU #SBATCH --ntasks=4 ### 申请1块GPU卡 #SBATCH --gres=gpu:1 ### 指定从哪个项目扣费。如果没有这条参数，则从个人账户扣费 #SBATCH --comment public_cluster ### 程序的执行命令 source ~/.bashrc conda create -y -n gpu python=3.10 -c conda-forge source activate gpu conda install mkl mkl-include -c conda-forge conda install cmake -c conda-forge conda install ninja=1.11.1 -c conda-forge ## 确保是最新版本，不然报错 cd ~/pytorch/ pip install -r requirements.txt export CMAKE_PREFIX_PATH=${CONDA_PREFIX:-"$(dirname $(which conda))/../"} export USE_CUDA=1 export USE_CUDNN=1 CUDNN_HOME=~/cuda/cudnn-linux-x86_64-8.9.4.25_cuda11-archive export CUDNN_LIB_DIR=$CUDNN_HOME/lib export CUDNN_INCLUDE_DIR=$CUDNN_HOME/include export CUDNN_LIBRARY=$CUDNN_HOME/lib/libcudnn.so export CUDNN_LIBRARY_PATH=$CUDNN_LIBRARY export CUDA_HOME=/opt/app/cuda/11.2 export CMAKE_CUDA_COMPILER=$CUDA_HOME/bin/nvcc export CMAKE_CUDA_ARCHITECTURES="60;70;75;80" export TORCH_CUDA_ARCH_LIST="6.0;7.0;7.5;8.0" GCC_HOME=~/miniconda3/envs/gcc export CUDAHOSTCXX=$GCC_HOME/bin/g++ export CC=$GCC_HOME/bin/gcc export CXX=$GCC_HOME/bin/g++ export PATH=$CUDA_HOME/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$CUDA_HOME/lib64:$CUDA_HOME/extras/CUPTI/lib64:$CUDNN_LIB_DIR:$LD_LIBRARY_PATH rm -rf build python setup.py develop -allow-unsupported-compiler ``` ## 检测 pytorch ```bash source ~/.bashrc conda run -n gpu whereis python ## /home/uxxx/miniconda3/envs/gpu/bin/python nano test.py && chmod +x test.py ``` ```python #!/home/uxxx/miniconda3/envs/gpu/bin/python # 检测CUDA是否安装正确并能被Pytorch检测 import torch # 如果pytorch安装成功即可导入 print(torch.cuda.is_available()) # 查看CUDA是否可用 print(torch.cuda.device_count()) # 查看可用的CUDA数量 print(torch.version.cuda) # 查看CUDA的版本号 # 检测能否调用CUDA加速 a = torch.Tensor(5,3) a = a.cuda() print(a) ``` ```bash #!/bin/bash ### 设置该作业的作业名 #SBATCH --job-name=test-nvidia ### 指定该作业的运行分区，sinfo 获取分区列表 #SBATCH --partition=body ### 指定申请的节点 #SBATCH --nodelist=gpu4 ### 排除指定的节点； #SBATCH --exclude=gpu1 ### 指定该作业需要1个节点数 #SBATCH --nodes=1 ### 该作业需要1个CPU #SBATCH --ntasks=1 ### 申请1块GPU卡 #SBATCH --gres=gpu:1 ### 指定从哪个项目扣费。如果没有这条参数，则从个人账户扣费 #SBATCH --comment public_cluster ### 程序的执行命令 source ~/.bashrc source activate gpu cd ~ GCC_HOME=~/miniconda3/envs/gcc export CC=$GCC_HOME/bin/gcc export CXX=$GCC_HOME/bin/g++ DRIVER_HOME=/opt/app/nvidia/460.91.03 export PATH=$DRIVER_HOME/bin:$PATH # 重要 export LD_LIBRARY_PATH=$DRIVER_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH # 重要 python ./test.py ``` ## 附加: 安装 ComfyUI ### 安装 xformers ```bash #!/bin/bash ### 设置该作业的作业名 #SBATCH --job-name=install-nvidia-xformers ### 指定该作业的运行分区，sinfo 获取分区列表 #SBATCH --partition=body ### 指定申请的节点 #SBATCH --nodelist=gpu4 ### 排除指定的节点； #SBATCH --exclude=gpu1 ### 指定该作业需要1个节点数 #SBATCH --nodes=1 ### 该作业需要1个CPU #SBATCH --ntasks=1 ### 申请1块GPU卡 #SBATCH --gres=gpu:1 ### 指定从哪个项目扣费。如果没有这条参数，则从个人账户扣费 #SBATCH --comment public_cluster ### 程序的执行命令 source ~/.bashrc source activate gpu cd ~ GCC_HOME=~/miniconda3/envs/gcc export CC=$GCC_HOME/bin/gcc export CXX=$GCC_HOME/bin/g++ DRIVER_HOME=/opt/app/nvidia/460.91.03 export PATH=$DRIVER_HOME/bin:$PATH # 重要 export LD_LIBRARY_PATH=$DRIVER_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH # 重要 wget https://github.com/comfyanonymous/ComfyUI/archive/refs/heads/master.zip -O comfyUI.zip unzip comfyUI.zip cd ComfyUI-master pip install xformers pip install -r requirements.txt ``` ### 启动 comfyUI + [安装内网穿透](/-ji-lu--an-zhuang-npsfrp-fu-wu-duan-yu-ke-hu-duan) ```bash #!/bin/bash ### 设置该作业的作业名 #SBATCH --job-name=run-nvidia ### 指定该作业的运行分区，sinfo 获取分区列表 #SBATCH --partition=body ### 指定申请的节点 #SBATCH --nodelist=gpu4 ### 排除指定的节点； #SBATCH --exclude=gpu1 ### 指定该作业需要1个节点数 #SBATCH --nodes=1 ### 该作业需要4个CPU #SBATCH --ntasks=4 ### 申请1块GPU卡 #SBATCH --gres=gpu:1 ### 指定从哪个项目扣费。如果没有这条参数，则从个人账户扣费 #SBATCH --comment public_cluster ### 程序的执行命令 source ~/.bashrc source activate gpu cd ~ GCC_HOME=~/miniconda3/envs/gcc export CC=$GCC_HOME/bin/gcc export CXX=$GCC_HOME/bin/g++ DRIVER_HOME=/opt/app/nvidia/460.91.03 export PATH=$DRIVER_HOME/bin:$PATH # 重要 export LD_LIBRARY_PATH=$DRIVER_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH # 重要 ~/github/npc -server=:8024 -vkey= -type=tcp > ~/log/npc.log 2>&1 & cd ~/ComfyUI-master ## 更多参数在 comfy/cli_args.py 中 echo 'running ComfyUI' python main.py --listen 0.0.0.0 --port 10239 > ~/log/comfyui.log 2>&1 ```