# Rstudio-server：安装seurat

与Jupyter相比，使用Rstudio可以更方便进行交互式绘图，比如ggThemeAssist，以及某些3D绘图需要旋转视角进行观察。因此这里记录一下在Rstudio里安装seurat的过程

- 更改R版本

- 进入terminal，以下操作均在terminal中进行

- export R_LIBS_SITE=””

- 在terminal中进入R

- .libPaths(‘/home/rstudio/miniconda3/envs/r_4_1_3/lib/R/library’)

- .libPaths() 确保没有其他路径

- remove.packages(“vctrs”)

- install.packages(“vctrs”)

- install.packages(‘Seurat’)

- remove.packages(“cli”)

- install.packages(“cli”)

- install.packages(“tidyverse”)

- 重启R session

- library(tidyverse)

- library(Seurat)

- 如果conda有这个包，且环境不冲突，则简单一些。但这个Rstudio-server不支持conda虚拟环境。

- 进入terminal

- conda install -c conda-forge r-seurat -y

环境
Rstudio-server：安装seurat
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Author
Limour
Posted on
August 12, 2022
Licensed under
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