# 蛋白质组学TCPA数据集使用记录

## 获取数据

- 进入TCPA的下载页面选择感兴趣的L4数据
- unzip TCGA-PRAD-L4.zip

## 清洗数据

f_dedup_IQR

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    3
    4
    5
    6

    tcpa <- read.csv('tmp/TCGA-PRAD-L4.csv')
    type <- as.numeric(substr(tcpa$Sample_ID, 14, 15))
    tcpa <- subset(tcpa, type < 10) # tp
    rowNa <- substr(tcpa$Sample_ID,1, 12)
    tcpa <- f_dedup_IQR(tcpa[-(1:4)],rowNa)
    tcpa

后续可以用limma包进行差异分析

数据库
蛋白质组学TCPA数据集使用记录
https://occdn.limour.top/2300.html
Author
Limour
Posted on
September 5, 2022
Licensed under
TCGA突变数据使用记录（一） Previous
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