# TCGA突变数据使用记录（一）

## 数据下载，从cBioPortal

- 从cBioPortal找到相应的数据，并从github下载
- ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &
- wget -e “https_proxy=http://127.0.0.1:20809“ https://github.com/cBioPortal/datahub/raw/master/public/prad\_tcga/data\_mutations.txt
- tmp <- read.table(‘data_mutations.txt’, header = T, sep = ‘\t’, allowEscapes = T, quote = ‘’)

## 数据下载，从TCGA

- 访问TCGA，在文件类型中过滤maf，访问权限中过滤open，case中过滤感兴趣的组织
- 加入到cart，然后可以直接下载tar.gz，也可以下载manifest，然后使用 官方工具下载
- 后续可以使用Maftools进行分析

数据库
TCGA突变数据使用记录（一）
https://occdn.limour.top/2302.html
Author
Limour
Posted on
September 5, 2022
Licensed under
TCGAbiolinks下载maf数据 Previous
蛋白质组学TCPA数据集使用记录 Next

#### Search

Keyword