# NCBI-GEO：SRA文件转FASTQ文件

## 来源

https://www.jianshu.com/p/8322e00a9f8a

https://zhuanlan.zhihu.com/p/353530857

https://github.com/rofl0r/proxychains-ng

## 通过conda安装纯净环境的sra-tools

- conda create -n sra_tools -c bioconda sra-tools

- conda activate sra_tools

- conda install -c conda-forge pigz -y

- prefetch

- wget https://github.com/rofl0r/proxychains-ng/releases/download/v4.16/proxychains-ng-4.16.tar.xz

- tar -xvf proxychains-ng-4.16.tar.xz

- cd proxychains-ng-4.16

- ./configure –prefix=$HOME/dev/proxychains4 –sysconfdir=$HOME/etc

- make && make install

- make install-config

- 添加正确的代理

- ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &

- ~/dev/proxychains4/bin/proxychains4 -f ~/etc/proxychains.conf curl www.github.com

## 批量下载SRA文件

- mkdir upload/zl_liu/sra/GSE172205
- cd upload/zl_liu/sra/GSE172205
- 通过 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=<GSE_ID> 得到 <SRP_ID>
- 通过 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=<SRP_ID> 搜索 <SRP_ID>
- 下载 Total 的 Accession List，上传到 upload/zl_liu/sra/GSE172205 目录下
- vdb-config -i 设置http代理，网络好也可以不设置
- prefetch –option-file SRR_Acc_List.txt

## 批量转换为FASTQ文件

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    #!/bin/sh
    #任务名
    TASKN=GSE172205
    #设置根目录
    ROOTDIR=/home/jovyan/upload/zl_liu/sra/GSE172205
    #设置CleanData存放目录
    CLEAN=$ROOTDIR/$TASKN

    mkdir $CLEAN
    for  file in `cat SRR_Acc_List.txt`
    do
    echo $file
    mkdir $CLEAN/$file
    cd $CLEAN/$file
    fasterq-dump --split-3 $ROOTDIR/$file -e 16
    pigz -p 16 *
    done

- nano 11.sh
- chmod +x 11.sh
- ./11.sh

## 后续分析

https://occdn.limour.top/1940.html

https://occdn.limour.top/1934.html

数据库 原始数据
NCBI-GEO：SRA文件转FASTQ文件
https://occdn.limour.top/1957.html
Author
Limour
Posted on
July 4, 2022
Licensed under
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