# 从GTF文件提取Gene长度

先从TCGA的数据中提取一份标准的基因长度，作为正确结果的标准，然后开始提取工作。

## Shell预处理

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    #!/bin/bash
    GFT=/home/jovyan/upload/zl_liu/star/gencode.v36.primary_assembly.annotation.gtf

    # 提取exon出来：
    awk '{if ($3=="exon") print $0}' $GFT  > exon.gtf
    # 去掉 exon.gtf 文件中的双引号：
    sed -i 's/"//g' exon.gtf
    # 提取需要的信息到txt：
    awk 'BEGIN{FS="\t ;";OFS="\t"}{print $1,$3,$4,$5,$7,$10,$5-$4+1}' exon.gtf > exon.txt

- nano 12.sh
- chmod +x 12.sh
- ./12.sh && rm exon.gtf

## R进行组装

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    library(tidyverse)
    df <- read.table('exon.txt', header = F, sep = '\t', allowEscapes = T, quote = '')
    df
    df <- df %>% group_by(V6)
    df <- df %>% summarise(length=sum(V7), chr=unique(V1), strand=unique(V5), start=min(V3), end=max(V4))
    df[['width']] = df[['end']] - df[['start']]
    df
    write.csv(df,'gene_length_human.csv')

和TCGA结果一致，说明结果可信，且length理论上比width更好

组织测序
从GTF文件提取Gene长度
https://occdn.limour.top/2117.html
Author
Limour
Posted on
July 18, 2022
Licensed under
counts转fpkm，fpkm转tpm Previous
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