Limour's Blog
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运维
53
博客迁移到xLog流程记录
SOCKS5转TUN
Docker:部署easyconnect
Nginx Proxy Manager进阶:隐藏真实IP
Docker安装vscode-web
Android平板利用Termux做SSH客户端
SOCKS5转QUIC
Warp与Tor共存
尝试用Golang静态编译可执行文件
初次尝试docker build
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生信
41
Docker:部署数据科学栈Jupyter
通过conda安装纯净环境的MuSiC
通过conda安装纯净环境的ggsurvplot
scVelo运行2: 计算绘图
scVelo运行1: 合并数据
scVelo准备3:从Seurat输出标注和UMAP
scVelo准备2:从cellranger得到loom文件
scVelo准备1:cellranger
通过conda安装纯净环境的velocyto
通过conda安装纯净环境的scVelo
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开源
35
Docker搭建vicuna
基于Chroma搭建个人知识库的全文索引
搭建自己的GPT之vicuna
搭建联通大王卡免流服务器
基于PaddleOCR的PDF转WORD
Docker部署drawio,并支持保存到github
让你反代的openai的API支持key轮询
Whisper搭配VoiceMeeter记录网课内容
利用API部署自己的AGI
利用Golang反代某AI的API
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数据库
21
TCGAbiolinks下载蛋白质组数据
TCGAbiolinks下载甲基化数据(续)
TCGAbiolinks下载甲基化数据
TCGAbiolinks下载CNV数据
TCGAbiolinks下载maf数据
TCGA突变数据使用记录(一)
蛋白质组学TCPA数据集使用记录
oncoPredict包进行药物敏感性预测
Cmap药物数据库使用记录
通过UCSC下载TCGA甲基化数据
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绘图
21
R解决导出PDF时的字体问题
绘制富集系统聚类图(简化版)
火山图美化
绘制富集系统聚类图
Seurat绘制3D-umap
timeROC绘图记录
COX模型可视化:风险得分关联图
regplot绘制高级nomogram
使用替换系数法使coxnet-lasso兼容coxph的分析
ggplot配色修改方法
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转载
20
【翻译】微软所删除的《GPT-4》论文内容
【翻译】AGI和超AGI:OpenAI的愿景与策略
【转载】深入理解语言模型的突现能力 & 拆解追溯 GPT-3.5 各项能力的起源
【转载】使用CloudFlare搭建文件加速代下载服务
【转载】Docker搭建MicroBin
【转载】《为什么要探索宇宙》(恩斯特·施图林格)
【转载】货拉拉案当事人对《底线》“帮你拉案”的声明
分享壁纸一张,测试一下图床接口
【翻译】利用大队列对前列腺癌预后的机器学习模型和基因表达特征进行综合评价
NPM面板:反代grpc连接
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uncategorized
19
群星控制台召唤灰风老婆
浏览器使用虚拟定位进一步避免微软标记IP
自主学习的GPT模型:跨越外星语言和英语的翻译之路
FeedMe搭配TTRSS的一个坑
避免微软new bing标记IP
开启AGI的隐藏功能
使用手表做指南针
Nginx Proxy Manager进阶:反代grpc
Warp 转 SOCKS5
FFT的有趣应用:计算整数乘法
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统计学
16
使用Bootstrap法计算自举置信区间
生存数据计算C指数并进行比较
COX-Ridge:外部数据集验证
使用替换系数法使coxnet-lasso兼容coxph的分析
比较两个COXPH模型的性能
COXPH绘制ROC曲线
COXPH的变量筛选
LASSO回归:使用L1正则化控制过拟合
将多数据集转化成无依赖的数据格式,进行单变量COXPH,并进行RRA整合
使用limma包进行差异基因分析
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通路富集
13
蛋白质组RPPA抗体与基因信息映射
绘制富集系统聚类图(简化版)
绘制富集系统聚类图
CBNplot推断临床变量对通路的影响
ReactomePA试用
对富集结果进行贝叶斯网络推断
clusterProfiler:构建MsigDB的数据库
clusterProfiler:构建Disease Ontology数据库
clusterProfiler:GSEA基本绘图演示
clusterProfiler:构建WikiPathways数据库
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树莓派
12
【树莓派】将U盘格式化为F2FS格式并挂载
树莓派:Rclone+aria2做Onedrive离线下载机
树莓派:安装wordpress
树莓派:Docker安装宝塔面板(64位系统)
树莓派:Docker安装dokuwiki
树莓派:定时备份目录
树莓派:Docker搭建calibre-web
树莓派:smb挂载光猫上的U盘
树莓派:Docker安装openwebrx
树莓派:Docker安装gogs
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组织测序
11
不同批次但未记录批次时使用DESeq2的方法
从差异基因到RRA聚合
从GTF文件提取Gene长度
使用 FastQC 做质控
STAR:一键脚本
STAR:记录一次比对过程
STAR:构建小鼠的基因组索引
Biobambam:将BAM转成FASQ
MuSiC:反卷积推断组织细胞构成比
通过conda安装纯净环境的MuSiC
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分群
11
基于NMF分解的降维聚类
使用metacell进行分群聚类
使用Seurat v3标准整合流程移除批次效应
scran:使用fastMNN算法移除批次效应
单细胞数据去批次效应算法比较
使用Harmony算法移除批次效应
通过conda安装纯净环境的imputation
SingleR注释免疫细胞亚群
通过conda安装纯净环境的SingleR
CellTypist注释免疫细胞亚群
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免疫学
11
实用免疫学(十一)免疫细胞分化关系树
实用免疫学(十)白细胞分化番外篇一:胚系基因重排
实用免疫学(九)适应性免疫番外篇二:抗原呈递
实用免疫学(八)适应性免疫番外篇一:抗原
实用免疫学(七)适应性免疫:体液免疫
实用免疫学(六)适应性免疫:细胞免疫二 CTL细胞
实用免疫学(五)适应性免疫:细胞免疫一 Th细胞
实用免疫学(四)从固有免疫到适应性免疫
实用免疫学(三)固有免疫番外篇一:补体系统
实用免疫学(二)固有免疫应答
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环境
10
Docker:部署数据科学栈Jupyter
解决虚拟机上执行sudo非常慢的问题
Rstudio-server:安装seurat
通过VMware构建本博客使用的生信处理环境
通过conda安装纯净环境的WGCNA
Rstudio-server 更改R版本
Docker:rstudio-server
通过conda安装纯净环境的Seurat
Jupyter Docker Stacks 进阶配置
快速开始:Jupyter Docker Stacks
杂感
9
【架空】基于反物质本位币的未来货币体系设计
【杂感】观《汪诘:在空中爆炸的星舰,为何赢得全程掌声?》有感
【杂感】生物质机器人怪谈
【杂感】文明的独立存在性:超越人类群体的抽象概念
【杂感】自主学习的GPT模型:跨越外星语言和英语的翻译之路(New Bing修改版)
【杂感】chatGPT对GPT技术与人类未来的预测
人类不该承担文明的沉重负担,文明应当是岁月流逝的光彩照耀。
20230208:与ChatGPT聊天记录
星之终途完结感想:我所幻想的世界
数据
9
Rclone备份 VPS 数据到 onedrive
Docker:部署AList V3
Docker:部署分布式存储minIO
利用Rclone的copy命令转存云盘文件夹
Docker:搭建音乐播放软件Navidrome,配合Rclone访问OneDrive的歌
Docker:搭建AList和Rclone,挂载OneDrive
【转载】Wallabag+TTRSS+FeedMe
树莓派:Docker安装dokuwiki
树莓派:Docker搭建calibre-web
从零开始配置VPS
9
【从零开始配置VPS】09:替换网站页面中的关键词
【从零开始配置VPS】08:Wallabag+TTRSS+RSShub
【从零开始配置VPS】07:PostgreSQL
【从零开始配置VPS】06:CF Worker 反代 jsDelivr
【从零开始配置VPS】05:Lsky Pro + WebP-SH
【从零开始配置VPS】04:WordPress
【从零开始配置VPS】03:MariaDB
【从零开始配置VPS】02:服务配置
【从零开始配置VPS】01:基础配置
AIGC
8
Docker搭建vicuna
基于Chroma搭建个人知识库的全文索引
搭建自己的GPT之vicuna
【AIGC:PPT】GPT-3.5自动化PPT工作流
【AIGC:图】LoRA模型风格混合
【AIGC:图】Stable Diffusion 试用【汉服国风】
人类不该承担文明的沉重负担,文明应当是岁月流逝的光彩照耀。
20230208:与ChatGPT聊天记录
拟时序
8
scVelo运行2: 计算绘图
scVelo运行1: 合并数据
scVelo准备3:从Seurat输出标注和UMAP
scVelo准备2:从cellranger得到loom文件
scVelo准备1:cellranger
通过conda安装纯净环境的velocyto
通过conda安装纯净环境的scVelo
通过conda安装纯净环境的 Monocle3
数据清洗
7
蛋白质组RPPA抗体与基因信息映射
使用MICE包对数据缺失值进行插补
蛋白互作网络PPI分析后进行hub基因提取
R语言:数据集分割
oligo:GEO/ArrayExpress芯片数据处理
Counts矩阵的标准化方法:TMM和VST、RLOG
使用IQR方法进行重复值的选择
药理学
6
药理五:中枢神经系统药物之治疗退行疾病
药理四:中枢神经系统药物之抗癫痫和抗惊厥
药理三:中枢神经系统药物之镇静催眠
19级临八药理第一次小测
药理二:传出神经系统药物之肾上腺受体
药理一:传出神经系统药物之胆碱受体
注释
6
导出SingleR需要的数据
构造Pseudo-bulk的表达量矩阵加速SingleR运行
使用DoubletFinder标注Doublet
使用FindTransferAnchors对样本进行预注释
通过conda安装纯净环境的inferCNV
通过conda安装纯净环境的SingleR
原始数据
5
loom文件使用记录
从ENI数据库下载fastq文件
cellranger定量:One Library, Multiple Flowcells
NCBI-GEO:SRA文件转FASTQ文件
scVelo准备2:从cellranger得到loom文件
WGCNA
5
ggcorrplot绘制相关性热图
使用NMF进行聚类
WGCNA:官方教程学习之共识分析
WGCNA:官方教程学习之网络分析
WGCNA:概念初探
细胞通讯
4
cellphoneDB:和弦图
cellphoneDB:筛选细胞和通路
通过conda安装纯净环境的cellphoneDB
通过conda安装纯净环境的CellChat
未分类
4
简易计算任务的探针
RRA算法聚合生物学重复结果
单细胞水平的细胞周期评分
通过conda安装和使用openxlsx
预处理
4
使用DoubletFinder标注Doublet
使用metacell进行分群聚类
使用FindTransferAnchors对样本进行预注释
使用SCTransform标准化
单细胞
3
使用Rclone搭配OneDrive迁移大量数据
conda安装Jupyter搭配NPS
Docker:部署数据科学栈Jupyter
染色体变异
3
inferCNV推断肿瘤染色体变异:绘图
inferCNV推断肿瘤染色体变异
通过conda安装纯净环境的inferCNV
寄生虫
3
寄生虫三:医学蠕虫之绦虫
寄生虫二:医学蠕虫之吸虫
寄生虫一:医学蠕虫之线虫
时间序列
1
使用JTK_CYCLE算法分析生物节律
样本比较
1
通过conda安装纯净环境的inferCNV
转录因子
1
通过conda安装纯净环境的SCENIC
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