绘制富集系统聚类图 糖糖家的老张的教程使用记录 安装补充包 conda activate clusterprofiler BiocManager::install(“GOplot”) 计算差异基因f_DESeq2、f_dedup_IQR 1234567891011r1 <- f_DESeq2(cts_b[keep,], geneInfo[keep,], Ct1, Tt1)DEG <- subset(r 2022-09-09 通路富集
CBNplot推断临床变量对通路的影响 清洗数据123456789101112vsted <- readRDS('rininiang.rds')group <- readRDS('tcga.predict.rds')incSample <- rownames(group)[group$group == 'High Risk']pwayGSE <- re 2022-09-09 通路富集
TCGAbiolinks下载甲基化数据 安装补充包 conda activate tcga # conda install -c bioconda bioconductor-sesamedata -y conda install -c conda-forge r-magick -y BiocManager::install(“sesameData”) BiocManager::install(“sesame”) BiocManager: 2022-09-09 数据库
TCGAbiolinks下载CNV数据 下载Gene水平的数据12345678910library(TCGAbiolinks)query <- GDCquery( project = "TCGA-PRAD", data.category = "Copy Number Variation", data.type = "Gene Level Copy Number&q 2022-09-08 数据库
TCGAbiolinks下载maf数据 下载数据 ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json & 123456789101112library(TCGAbiolinks)Sys.setenv("http_proxy"="http://127.0.0.1:20809")Sys.setenv("https_ 2022-09-06 数据库
TCGA突变数据使用记录(一) 数据下载,从cBioPortal 从cBioPortal找到相应的数据,并从github下载 ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json & wget -e “https_proxy=http://127.0.0.1:20809“ https://github.com/cBioPortal/datahub 2022-09-05 数据库
蛋白质组学TCPA数据集使用记录 获取数据 进入TCPA的下载页面选择感兴趣的L4数据 unzip TCGA-PRAD-L4.zip 清洗数据f_dedup_IQR 123456tcpa <- read.csv('tmp/TCGA-PRAD-L4.csv')type <- as.numeric(substr(tcpa$Sample_ID, 14, 15))tcpa <- subset(tcp 2022-09-05 数据库
oncoPredict包进行药物敏感性预测 安装包 conda create -n oncoPredict -c conda-forge r-base=4.1.3 conda activate oncoPredict conda install -c conda-forge r-tidyverse -y conda install -c conda-forge r-irkernel -y Rscript -e “IRkernel: 2022-09-04 数据库
Cmap药物数据库使用记录 Connectivity Map(Cmap)为一个基因表达数据库,由哈佛、剑桥大学和麻省理工学院研究人员构建,利用不同干扰物(包括小分子)处理人类细胞后的基因表达差异,建立一个干扰物、基因表达和疾病相互关联的生物应用数据库。研究团队认为以基因表达谱所建立的基因、疾病与药物的关联性,可协助研究者在药物研发领域上,快速利用基因表达谱数据比对出与疾病高相关性的药物、推论大部分药物分子的主要结构,并能够归 2022-09-04 数据库
通过UCSC下载TCGA甲基化数据 UCSC Xena是一个集分析、可视化、数据集下载等功能的在线数据分析和可视化平台。 现有142个队列的1604个公共数据集包括TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等,不同的数据集之间精不同的标准化方法可以相互比较。(陈浩) 选择数据集 下载数据 ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &am 2022-09-03 数据库