counts转fpkm,fpkm转tpm 不知道为什么counts转fpkm的结果和tcga的结果对不上,可能里面的colSums用的是reads mapped to all protein-coding regions?没有进行进一步的尝试。fpkm转tpm的结果和tcga的结果是一致的。 12345678f_counts2fpkm <- function(counts, gene_lengths){ # 确保记录已经对 2022-07-19 数据库
从GTF文件提取Gene长度 先从TCGA的数据中提取一份标准的基因长度,作为正确结果的标准,然后开始提取工作。 Shell预处理123456789#!/bin/bashGFT=/home/jovyan/upload/zl_liu/star/gencode.v36.primary_assembly.annotation.gtf # 提取exon出来:awk '{if ($3=="exon" 2022-07-18 组织测序
Docker:部署青龙面板 青龙面板是一款JavaScript/Python/Typescript/Shell脚本管理平台,可以帮助我们更方便地实现脚本的定时执行。 部署123456789version: '2'services: web: image: whyour/qinglong:latest volumes: - ./data:/ql/data 2022-07-17 开源
评价临床预测模型 模型来源,参考1、参考2 安装补充包 conda activate ggsurvplot conda install -c conda-forge r-timeroc -y conda install -c conda-forge r-gert -y conda install -c conda-forge r-devtools -y conda install -c r r-proc -y # 2022-07-17 统计学
诺莫图(Nomogram)展示回归分析的结果 展现回归分析的OR、HR值可以用森林图,而如果想直观预测实例化对象的生存概率,则可以使用诺莫图 安装补充包 conda activate ggsurvplot conda install -c conda-forge r-rms -y Logistic回归 数据来源 12345678dd=datadist(df)options(datadist="dd") lrmf < 2022-07-17 绘图
生存分析的Cox比例风险回归模型 如果只研究患者的中位生存时间或限制平均生存时间,或比较某一变量的限制平均生存时间,可以采用生存分析。如果自变量有多个,需要从中寻找主要的影响因素,则可以采用Cox回归模型进行分析。若某一变量的βj=0,则称其对风险函数无贡献。对风险函数无贡献的变量可以从模型中剔除,然后重现计算新的Cox模型,称为用Cox回归分析的逐步回归方法对变量进行筛选。(《卫生统计学》赵耐青,下同) 多个自变量之间 2022-07-17 统计学
Lsky图床使用阿里云OSS 搭建好图床Lsky Pro后,尝试了各种minIO的设置,死活配置不上,只好切换存储到阿里云OSS。访问域名可以用内网机器反代,然后套上CDF,这样可以不会消耗OSS外网流出量。顺便在用户管理,往右划拉,看到编辑按钮,这里可以更改存储容量。 配置示例 2022-07-16 运维
Docker:搭建图床Lsky Pro 12345678910version: '3.3'services: lsky-pro: container_name: lsky-pro restart: always volumes: - './lsky-pro-data:/var/www/html' ports: 2022-07-16 开源
Docker:部署分布式存储minIO 准备 甲骨文免费VPS一台,解析到minio1.j11.fun,开放9000、9001 阿里云香港VPS一台,解析到minio2.j11.fun,开放9000、9001 iptables和防火墙放行对方ip和自己ip:/usr/sbin/iptables -I INPUT -s 0.0.0.0 -j ACCEPT 证书12345678910111213141516[ 2022-07-16 数据
有序分类Logistic回归 Logistic回归的假设 假设1:因变量唯一,且为有序多分类变量 假设2:存在一个或多个自变量,可为连续、有序多分类或无序分类变量。 假设3:自变量之间无多重共线性。 假设4:模型满足“比例优势”假设。 通过conda安装纯净环境的Logistic分析包 conda create -n logistic -c conda-forge r-base=4.1.3 conda activa 2022-07-15 统计学