inferCNV推断肿瘤染色体变异:绘图 第一步 获取染色体长短臂位置注释 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg38/database/ wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg38/database/cytoBand.txt.gz gunzip cytoBand.txt.gz 1234567891011121314151617 2022-03-01 生信
inferCNV推断肿瘤染色体变异 第一步 获取对应物种的基因位置注释文件 https://www.gencodegenes.org/human/ wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode\_human/release\_39/gencode.v39.chr\_patch\_hapl\_scaff.annotation.gtf.gz gunzip gencode 2022-02-28 生信
通过conda安装纯净环境的inferCNV conda create -n rinferCNV -c conda-forge r-base=4.1.2 -y conda activate rinferCNV conda install -c conda-forge r-seurat=4.1.0 -y conda install -c conda-forge r-irkernel=1.3 -y conda in 2022-02-28 生信
通过conda安装纯净环境的cBioPortal conda create -n rcBioPortal -c conda-forge r-base=4.1.2 -y conda activate rcBioPortal conda install -c conda-forge r-cgdsr=1.3.0 -y conda install -c conda-forge r-irkernel=1.3 -y R IRk 2022-02-27 数据库
单细胞水平的细胞周期评分 定义一些辅助函数1234library(ggsci)f_levels2col <- function(df_f, col){ col[as.numeric(df_f)]} 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051f_ge 2022-02-26 生信
单细胞水平的差异基因热图的一些展示方式 定义绘图函数12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697989910010 2022-02-25 生信
一些常见图的美化 火山图 https://mp.weixin.qq.com/s/TvAor9voh\_kDnIxsC-U48w https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/EnhancedVolcano/inst/doc/EnhancedVolcano.html 12345678library(EnhancedVolcano)data 2022-02-25 生信
通过conda安装和使用openxlsx conda install -c conda-forge r-openxlsx=4.2.5 -y 1openxlsx::read.xlsx(xlsxFile = "marker.xlsx", sheet = 1, colNames = F) 2022-02-24 生信
通过conda安装纯净环境的R绘图合集 conda create -n rplot -c conda-forge r-base=4.1.2 -y conda activate rplot conda install -c conda-forge r-seurat=4.1.0 -y conda install -c conda-forge r-irkernel=1.3 -y R IRkernel::inst 2022-02-24 生信
SingleR注释免疫细胞亚群 第一步 下载自带的参考数据库(仅需一次,已经运行过了,跳过)123456789library(celldex)ref_HPCD <- HumanPrimaryCellAtlasData() ref_BFD <- BlueprintEncodeData() ref_MRD <- MouseRNAseqData() ref_IGD <- ImmGenData() ref_DIC 2022-02-24 生信