rstudio-server：安装seurat.md 1.1 KB
title: Rstudio-server：安装seurat tags: [] id: '1968' categories:
- - uncategorized date: 2022-08-12 10:05:28 ---
与Jupyter相比，使用Rstudio可以更方便进行交互式绘图，比如ggThemeAssist，以及某些3D绘图需要旋转视角进行观察。因此这里记录一下在Rstudio里安装seurat的过程
- 更改R版本
- 进入terminal，以下操作均在terminal中进行
- export R_LIBS_SITE=""
- 在terminal中进入R
- .libPaths('/home/rstudio/miniconda3/envs/r_4_1_3/lib/R/library')
- .libPaths() 确保没有其他路径
- remove.packages("vctrs")
- install.packages("vctrs")
- install.packages('Seurat')
- remove.packages("cli")
- install.packages("cli")
- install.packages("tidyverse")
- 重启R session
- library(tidyverse)
library(Seurat)
如果conda有这个包，且环境不冲突，则简单一些。但这个Rstudio-server不支持conda虚拟环境。
进入terminal
conda install -c conda-forge r-seurat -y