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title: Rstudio-server：安装seurat tags: [] id: '1968' categories:

• - uncategorized date: 2022-08-12 10:05:28 ---

与Jupyter相比，使用Rstudio可以更方便进行交互式绘图，比如ggThemeAssist，以及某些3D绘图需要旋转视角进行观察。因此这里记录一下在Rstudio里安装seurat的过程

• 更改R版本
• 进入terminal，以下操作均在terminal中进行
• export R_LIBS_SITE=""
• 在terminal中进入R
• .libPaths('/home/rstudio/miniconda3/envs/r_4_1_3/lib/R/library')
• .libPaths() 确保没有其他路径
• remove.packages("vctrs")
• install.packages("vctrs")
• install.packages('Seurat')
• remove.packages("cli")
• install.packages("cli")
• install.packages("tidyverse")
• 重启R session
• library(tidyverse)

• library(Seurat)

• 如果conda有这个包，且环境不冲突，则简单一些。但这个Rstudio-server不支持conda虚拟环境。

• 进入terminal

• conda install -c conda-forge r-seurat -y